专项拨款又称专项转移支付， 是国家财政转移支付制度中，转移支付的内容和形式之一。上级（中央及省、市）对下级（区）进行财政转移支付时，对该资金的使用、管理有一定的条件限制，接受转移支付资金的区政府， 必须按照上级政府的要求使用资金。
自上世纪九十年代中期我国中央财政正式实施过渡期转移支付办法以来，随着社会经济的持续发展、产业结构的优化调整、财税政策体制的改革完善，财政转移支付呈现了总量增长、结构合理、作用明显的特点。尤其是近几年，财政专项拨款在“扩内需、保增长、重民生、促和谐”等方面，发挥了积极的引导、调节和扶持作用。
一、专项拨款对区级财政管理的影响
1、严谨规范的预算管理受到一定影响
区级财政一般于上年四季度即着手调研编制当年度财政收支预算安排，经“几上几下”的编制及审批程序，最后形成具有法律约束力的年度财政预算方案。年中，财政部门围绕预算方案，着力于组织财政收入，安排财政支出，确保财政资金的安全、规范、高效运行，完成财政预算执行及决算工作。上级专项拨款，一般于上年末及当年内，发文要求下级财政及项目主管部门根据相关规定，对上进行申报，并组织相关部门及专家对申报资料进行调研、论证、评审等，最终确定专项拨款的内容及数额。对该专项拨款，区级财政在预算编制时无法确定其项目及金额，只能在预算执行及决算中，作调整处理，造成预算不完整。
2、申报立项程序缺乏宽广的透明通道
现部分项目资金除发文通知各地按规定逐级申报外，还通过网络、报纸等媒体进行公告。而另一些上级各类专项资金的项目申报，一般均由财政、行业主管部门以文件形式通知下级，再由下级通知相关企业、单位按规定要求组织申报。有些项目由于时间要求紧、通知渠道狭、调查了解浅等原因，往往形成每年申报的单位均是“知名”企业，新生且符合条件的其他企业单位则“寥若晨星”。
3、项目的专项内容缺少高效的优化整合
近年来，随着上级财政不断加大发挥对经济社会建设发展的调节、引导、扶持功能，专项转移支付的规模、领域逐年扩大。上级专项拨款的名目众多繁杂，主管部门几乎囊括政府一半以上的经济、综合等行政职能部门。有些同类如服务业引导、“三农”建设等专项资金因细则不同而涉及多个主管部门，引成资金及管理的相对分散，进而直接影响人财资源的有效整合，行政效能的优化提高，专项资金的最大效果。
4、区级财政管理难度日益增大
因上级专项拨款种类、领域逐年扩大，各行业各条线每年下达的专项资金或指标近百项，每项又均有相应的管理规定及核算要求。区级财政由于机构编制等局限，内设科室一般均需对口上级财政多个业务处室，除承担大量日常的预算执行、财务管理、政策宣传、基层调研、监督指导等事务外，对每项专项拨款均需以财政资金（指标）的流向为核心，贯穿项目申报、资金拨付、跟踪监管、竣工结报等全过程，直至通过上级组织的考核验收，文件资料的整理归档。面对如此政出多门数条线，对接专项一根针的现状。区级财政部门即使竭尽全力，强化管理，但因受制于客观实际，对项目申报的科学合理、项目实施的优质高效，很难做到全面深入的掌控，往往仅从资金管理及财务核算角度，尽力予以规范准确。
二、改善专项拨款模式的构想
1、推进财政结算体制的改革，完善专项转移支付资金的分配机制
党的十七大报告提出，要健全中央和地方财力与事权相匹配的体制，加快形成统一规范透明的财政转移支付制度，提高一般性转移支付规模和比例。财政转移支付是财政再分配方式。制定财力和事权相匹配财政结算体制，调整财政转移支付类型，提高一般性转移支付规模和比例，同时配套相关的资金投向、管理目标、绩效考评办法等政策规定，在大的框架内，逐步将相对固定的专项转移支付补助收入编入年初预算，增加区级政府对上级拨款收支预算编制的透明度、执行的自主权，增强下级财政保障能力，更好地促进地方建设和发展。
2、发挥专项资金的集聚作用
上级政府在安排每年度的专项转移支付资金时， 在编制预算、资金拨付过程中，在充分考虑产业投向、引导目标、扶持对象，发挥财政资金“四两拨千斤”效应作用。同时适当注重资金的高效整合，突出重点，把相同行业、类型的专项资金及管理办法集聚捆绑，尽量减少部门行业的多头管理及专项资金的“天女散花”。不断提高行政效率和政策效能。
3、建立专项转移支付基金
上级政府财政根据每年政策导向，确定专项转移支付资金的规模及投向，常规情况下，为了完成当年财政收支预算，需将支出预算层层下拨，尚余一部分作为指标结转次年。而且在当年确定预算后，需历经从组织申报到专家评审到领导审批再到发文下达等程序，因时间匆忙或考察不周等原因，在一定程度上会影响专项资金的申报质量及积极作用。因此，在每年的项目资金预算支出安排中，除安排一定规模的专项拨款，部分投入按政府支出功能分类，设立产业扶持引导专项基金，制定相关的章程、管理规定，形成专项基金的逐年增量。
4、构建监督检查与绩效评审有机结合的考核机制
通过调整方法、完善机制，把区级财政部门业务干部从繁杂而并不高效的困境中解脱出来，重点围绕财政资金的安全、规范、高效，围绕财政管理的科学、精细，而倾注全力，施展才华。在做优内部各项基础性工作的前提下，将工作重心外延，强化对分管财政支出资金的监督检查、调研指导。根据区域实际，着力研究绩效评审的指标体系、评审内容和方法，推动绩效评审工作全面开展。把财政监督检查与绩效评审有机结合，深入基层实际，采集真实数据，撰写调研报告，服务领导决策，更好地发挥财政的职能作用。